Výrazného vzestupu dosáhl náš oddíl po roce 1993, a to již pod novodobým názvem AFK SKP Pardubice. Družstva mužů i žen se postupně probojovala až do 1. národní ligy a především ženy tuto soutěž pravidelně vyhrávaly. Velkého rozmachu dosáhla mládežnická družstva, a to především družstva dorostenecká a juniorská. Jak družstva děvčat, tak družstva chlapců se začala pravidelně probojovávat do semifinále MČR družstev.

Nejvýraznějšími atletickými postavami období 90. let byli především vrhači Dalibor Menšík, Marian Gilar, sprintéři Pavel Vavrouš, Radek Sakař, David Svoboda, vytrvalci Vladimír Vašek, Michal Šmíd, Milan Holický, Milan Uchytil, v ženách pak sprintérky Štěpánka Chobotová, Leona Kulichová, Zdena Kněžourová, Veronika Novotná, překážkářka Zuzana Košťálová, vrhačky Eva Studničková, Iva Toušová, Jitka Svatošová, Andrea Prokůpková a bývalá vynikající vícebojařka Zuzana Valentová. Především tyto závodnice se zasloužili o vítězství ve II. národní lize a postup do I. národní ligy.

V roce 1993 se atletický oddíl osamostatnil a společně s oddílem kopané založil AFK SKP Pardubice (Atleticko-fotbalový klub Sportovního klubu Policie Pardubice). Toto osamostatnění přineslo výraznější zájem o atletiku a postupně se také vylepšovaly podmínky a upravoval stadión. Nastoupili noví funkcionáři a trenéři, rozrostl se počet družstev a objevila se celá řada mladých talentů, kteří svou výkonností dosáhli až do reprezentace.

V devadesátých letech byla našimi členy opět překonána řada českých rekordů. V roce 1994 vytvořila český žákovský rekord ve vrhu koulí výkonem 14,24 m Eva Studničková, která se v dalších letech specializovala na hod kladivem. V této „mladé“ disciplíně dokázala v letech 1995 - 1998 celkem 15 krát překonat český mládežnický rekord tří a čtyř kilogramovým náčiním, až na hodnoty 52,16 m a 50,73 m. Na mistrovství světa v běhu do vrchu skvěle reprezentoval vytrvalec Michal Šmíd.